از آنجا که «فقه نظام» در ابتدای مسیر پیدایش خود قرار دارد با چالشهای متعددی مواجه شده است که استحکام و بالندگی این فقه، منوط به رفع این چالشها از طریق پاسخهای دقیق و علمی است. این چالشها در چهار محور کلی «مبادی»؛ «حکم»؛ «موضوع» و «مکلف» تنظیم شده و به بررسی آن پرداخته شده است. در محور «مبادی»، نسبت «فقه نظامات» با ادعای «تأسیس فقه جدید» و «عدول از فقه جواهری» و همچنین ادعای «کامل بودن و پاسخگویی فقه موجود به مسائل مستحدثه» بررسی شده است. در محور «حکم» سعی شده است مقصود از نظاممندی احکام مورد دقت قرار گیرد که مقصود از هماهنگی و انسجام احکام در فقه نظام چیست؟ و با مبنای اعتباری بودن احکام چگونه سازگار است؟ در محور «موضوع» نیز تفاوت موضوع و موضوع شناسی در مقیاس فقه فردی و فقه نظام مورد دقت قرار گرفته و برخی جوانب بحث به پرسش درآمده است. در محور «مکلف» نیز چگونگی مخاطب واقع شدن مکلف اجتماعی در فقه نظام بررسی شده است.
