ناهماهنگی در روش تولید دانش در دانش‌های دینی، علاوه بر مشکل استناد به دین در برخی گزاره‌های علوم دینی، تبعات علمی و اجتماعی زیادی را در طول تاریخ به وجود آورده و حتی امکان تولید همسان دانش تمدنی در جامعه علمی دینی را زیر سؤال برده است. این مقاله، با ادراک چالش‌های کلان معرفتی، روشی و مدیریتی دانش‌های دینی، «فقدان یک روش جامع معیار در میان علوم دینی» را به عنوان مسأله تحقیق شناسایی کرد. هدف از این مقاله مدیریت نظریه‌پردازی دینی و تحول و ارتقاء علوم دینی و انسانی از طریق «مدیریت تحول در روش علوم دینی»، با استفاده از روش‌های تاریخی، تحلیلی و نظریه‌پردازی بوده است. با انجام این تحقیق روشن شد: همسان‌سازی روش تولید دانش بر مبنای یک روش جامع، تأمین‌کننده فواید و ضرورت‌هایی مانند: «دست‌یابی به منطق علمی مشترک»، «متمایزسازی پارادایم اسلامی»، «ارائه هماهنگ الگوهای اجتماعی»، «مقابله با آسیب‌های نگاه جزیره‌ای به تولید دانش» و «امکان مدیریت کلان و دقیق دانش دینی» است. از سویی، «درهم‌تنیدگی دانش‌های دینی»، «لزوم توجه توأم به گزاره‌های توصیفی و تجویزی در دانش‌های مختلف» و «روش یکپارچه تولید دانش از منظر امامان معصوم» نیز اثبات‌کننده ضرورت توجه به یک «روش معیار در دانش‌های دینی» است.