موضوع‌شناسی فقهی از ارکان اساسی فرایند اجتهاد و پیش‌نیاز شناخت احکام شرعی است. این دانش با پیچیدگی‌هایی چون ابهام در تشخیص مفاهیم و مصادیق، نقش آفرینی عرف در کنار شأن مجتهد، و تغییرپذیری موضوعات در بستر زمان مواجه است. نوشتار پیش رو با هدف تبیین نظام‌مند موضوع‌شناسی فقهی از منظر امام خمینی(ره) و واکاوی نسبت آن با علوم انسانی تدوین یافته است. پژوهش با روش توصیفی ـ تحلیلی و با بهره‌گیری از منابع کتابخانه‌ای شامل آثار فقهی، اصولی، استفتائات و صحیفه‌ی امام (ره) انجام شده است. یافته‌های تحقیق حاکی از آن است که امام خمینی(ره) دسته‌بندی جامعی از موضوعات بر اساس معیارهایی چون ماهیت تکوینی، منبع تکوین، زمان پیدایش و تغییرپذیری ارائه داده است. از منظر ایشان، عرف مرجع تشخیص موضوعات است مگر آنکه قرینه‌ای بر تصرّف شارع وجود داشته باشد، و تشخیص مصادیق نیز بر عهده‌ی مکلّفان است. مهم‌ترین نوآوری پژوهش، تفکیک سه سطح تحلیل مفهومی، ماهوی و مصداقی برای بهره‌گیری از علوم انسانی در موضوع‌شناسی فقهی است. این تفکیک نشان می‌دهد که علوم انسانی در سطح مفهومی می‌توانند به شناسایی استعمال‌های عرفی کمک کنند، اما در سطح ماهوی کارآمدی محدودی داشته و در سطح مصداقی تنها در چارچوب تأیید عرف متخصّص معتبرند.