حکمرانی پژوهش، به معنای جهت دهی، راهبری و اِعمال نفوذ بر روی مجموعه فعالان عرصه‌ی پژوهش در کشور است. حکمرانی پژوهش شامل حیطه‌های وسیعی مانند تأمین مالی پژوهش، توانمندسازی، اولویت‌گذاری، ارزشیابی نهادها و کنشگران می‌شود. حکومت موظّف است با اتّخاذ سیاست‌های صحیح از ظرفیت پژوهش‌های انجام شده در راستای اعتلای جامعه حداکثر استفاده را بنماید. مسئله‌ی اولویت‌‌بندی (در بودجه بندی پژوهشی) از مهمترین مسائل عرصه‌ی حکمرانی پژوهش بوده که در این مقاله از منظر فقه اسلامی، با روش اجتهادی و با استفاده از منابع وحیانی (قرآن و سنت) مورد بررسی قرار گرفته است. نتایج پژوهش حاکی از آن است که حکومت اسلامی و به‌خصوص بخش آموزش عالی به‌عنوان یکی از مهمترین متولّیان پژوهش و تولید علم در کشور براساس وظایف اصلی خود یعنی اجرای عدالت، تعلیم و تربیت دینی، اقامه‌ی دین و آبادانی کشور و نیز مبتنی بر دو قاعده‌ی مهم فقهی «اعانه‌ی بر بِرّ» و «حفظ نظام» لازم است در بودجه ریزی پژوهشی موضوعات علوم مرتبط با آبادانی کشور، علوم انسانی اسلامی، امور حسبه، خودکفایی کشور، کادرسازی برای نظام را در اولویت قرار دهد.